Тут разные вещи. Одно дело - церковь,как функциональное сооружение: если крышу банально не латать (разумеется,современными материалами,а не археологическими аутентичными),то в ней нельзя будет находиться и она утратит свое значение. Например,как стамбульский Тюнель - полторы сотни лет,однако рельсы,провода и вагончики вполне современные.
А другое дело - какой-то предмет,который был обнаружен во время раскопок и ныне не используется,а нужен лишь как сам предмет - для историков и прочих любопытствующих лиц. Во втором случае ремонт делать никто не будет - да и нет в этом никакого смысла. например,как та же греческая трирема в Гирне - ну согласись,можно было бы приколотить кучу досок и воссоздать оригинальный корабль,но делать этого никто не будет,потмоу что сразу убьет ценность существующего обломка. Вот и с фресками так же.